У звіті по аудиту системи Прозорро, Рахункова палата вказала на «істотні недоліки експлуатації інформаційно-телекомунікаційної системи», в тому числі відсутність проектної та експлуатаційної документації та комплексної системи захисту інформації. Це послужило головним поштовхом до призначення перевірки.
Подальші заходи щодо виправлення недоліків при експлуатації ІТС ProZorro ДП Прозорро будуть визначені за результатами перевірки.