В отчете по аудиту системы Прозорро, Счетная палата указала на «существенные недостатки эксплуатации информационно-телекоммуникационной системы», в том числе отсутствие проектной и эксплуатационной документации и комплексной системы защиты информации. Это послужило главным толчком к назначению проверки.
Дальнейшие меры по исправлению недостатков при эксплуатации ИТС ProZorro ГП Прозорро будут определены по результатам проверки.